Thomas Muggenthaler studierte Politikwissenschaft und Soziologie. In seinen Büchern und Artikeln beschäftigt er sich vor allem mit der Zeit des Nationalsozialismus. Für den Bayerischen Rundfunk verfasste er zahlreiche Hörfunksendungen sowie Filme zu diesem Thema. Die Republik Polen verlieh ihm für seine Recherche zu polnischen Zwangsarbeitern die Ehrenmedaille "Bene merito". Thomas Muggenthaler wurde zweimal mit dem Deutsch-Tschechischen Journalistenpreis und 2015 mit dem Bayerischen Fernsehpreis ausgezeichnet. 2024 erhielt er das Bundesverdienstkreuz. Er lebt und arbeitet in Regensburg.