Il generale Rupnik, insieme a Anton Kokalj, Ernest Peterlin e Janko Kregar, costituirono il 24 settembre 1943 la Slovenska Domobranska Legija (Legione Slovena delle Guardie), sostenuta dai rappresentanti dei partiti politici esistenti prima della guerra nella regione di Lubiana ed organizzata su 3 Battaglioni. Bisogna però sottolineare che, mentre Rupnik era propenso a collaborare con i tedeschi ed era convinto della vittoria del Terzo Reich, Peterlin desiderava formare un'unità pesantemente armata, con mitragliatrici pesanti, mortai e cannoni di vario calibro (con l'obiettivo segreto di avere una forza armata pronta per compiere una rivolta nazionalista ed indipendentista), ma i tedeschi non approvarono mai un tale progetto. Per richiamare i giovani all'arruolamento, lo stesso giorno fu pubblicato un vibrante appello, firmato dallo stesso Rupnik, sul principale quotidiano cattolico sloveno, "Slovenec". Il 30 settembre, in seguito all'occupazione tedesca della provincia di Lubiana i tedeschi ribattezzarono la Legione in Guardia Territoriale Slovena (Slovensko Domobranstvo in tedesco Slowenische Landwehr), assumendone di fatto il controllo.