In New York ist eine Bande krimineller Jugendlicher, angeführt von dem japanischen Ninja-Meister Shredder, so einflussreich geworden, dass die Polizei die Lage nicht mehr unter Kontrolle hat. Die einzigen, die dem Chaos Einhalt gebieten können, sind vier mutierte Schildkröten, die dank der weisen Ratte Splinter, ebenfalls ein Mutationsprodukt, über hervorragende Ninjitsu-Kenntnisse verfügen.